条文修订幅度大
　　新修订的《动物防疫法》从原来的七章五十八条增加到十章八十五条，新增加的三章分别是：第三章“动物疫情报告、通报和公布”；第六章“动物诊疗”；第八章“保障措施”。原“动物防疫监督”一章更名为“监督管理”。
　　一般修改有：立法目的、相关法律法规的关系、种用乳用动物管理、疫情报告、疫区封锁等；较大修改有：调整范围、管理体制、疫情监测、强制免疫、动物防疫合格证、检疫管理、动物诊疗管理、有关法律责任等；新增加的制度有：风险评估、追溯管理、疫情预警、区域性化管理、国际通报、官方与执业兽医制度、官方兽医签字、政府保障、有关法律责任等。
管理体制调整多
　　根据《国务院关于推进兽医管理体制改革的若干意见》（国发〔2005〕15号）等有关规定，新修订的《动物防疫法》进一步理顺了动物防疫管理体制：
　　一是强化了政府的防疫责任。法律明确规定，县级以上人民政府应当加强对动物防疫工作的统一领导，加强基层动物防疫队伍建设，建立健全动物防疫体系，制定并组织实施动物疫病防治规划。乡级人民政府（城市街道办事处）应当组织群众协助做好本地区的动物疫病预防与控制工作。
　　二是明确了部门责任。实行兽医主管部门统一主管动物防疫工作的管理体制，以及有关部门在各级职责范围内依法落实职责的工作机制。
　　三是明确了动物卫生监督机构执法主体地位。该法明确规定，县级以上地方人民政府设立的动物卫生监督机构依照本法规定，负责动物、动物产品的检疫工作和其他有关动物防疫的监督管理执法工作。
　　四是明确了技术支持机构的职责。动物疫病预防控制机构负责承担动物疫病的监测、检测、诊断、流行病学调查、疫情报告以及其他预防、控制等技术工作。
　　五是统一了动物检疫实施主体。规定由动物卫生监督机构官方兽医实施检疫，取消了原法有关“两厂”屠宰检疫等有关规定。
应用对象有扩展
　　新修订的《动物防疫法》调整对象是动物疫病（即传染病和寄生虫病），这与原先的规定没有改变，但涉及动物、动物产品的范围有了重要扩展，规定的动物产品范围显著扩大，基本涵盖了食用动物产品、遗传材料以及畜产品加工业原料等各类动物产品，值得关注的是，将原来的“胴体”扩展为“肉品”，同时，将可能传播动物疫病的“奶、蛋”也纳入调整范围。这样，食用动物产品“肉、蛋、奶”有关动物疫病管理已全面纳入《动物防疫法》的调整范围。
　　从立法意图来看，扩展动物产品调整范围，旨在强化统一管理体制。动物产品调整范围的扩展，使动物卫生监督机构承担的动物及其产品的检疫任务更重，涉及的监督管理领域更宽，监管任务十分繁重。
行政许可更规范
　　新修订的《动物防疫法》进一步规范了《动物防疫条件合格证》、《动物诊疗许可证》等行政许可项目，明确规定许可主体为兽医主管部门，并前置于工商注册登记管理，具体许可程序按《行政许可法》规定以及农业部制订的配套规章制度实施。同时，《动物防疫条件合格证》许可范围缩小为：动物饲养场（养殖小区）和隔离场所、动物屠宰加工场所以及动物和动物产品无害化处理场所，其他经营动物、动物产品的集贸市场以及储运等场所，应当具备国务院兽医主管部门规定的动物防疫条件，并接受动物卫生监督机构的监督检查。
　　新法律还明确，跨省调入乳用、种用动物及其精液、胚胎、种蛋，由省级动物卫生监督机构负责审批，并将调入乳用、种用动物隔离检疫法定化；明确了动物及其产品检疫申报制度，并由动物卫生监督机构官方兽医统一实施检疫的要求。
新设制度国际化
　　2001年，我国成为世界贸易组织（WTO）成员；2007年，世界动物卫生组织（OIE）又恢复了中国的合法权益，这意味着我国的兽医法律法规要与国际逐步接轨，并履行相关国际义务。因此，《动物防疫法》修订时，借鉴了国际动物卫生管理的做法，并根据我国动物疫病防控工作需要，新增加了“风险评估、追溯管理、疫情预警、区域性化管理、国际通报、官方兽医、执业兽医、官方兽医签字”等新制度。
　　这些制度的实施，将使我国兽医工作逐步走上法治化、规范化管理的轨道，同时兽医主管部门、动物卫生监督机构、动物疫病预防控制机构的行政管理、监督执法、技术支持等职责也大大增加，特别是官方兽医等制度的实施，将对从事动物及其产品检疫的官方兽医的人员性质、素质以及保障措施提出了更高的要求。
兽医保障更具体
　　兽医工作是公共卫生的第一道防线，是保障社会经济全面、协调、可持续发展的重要基础性工作之一，是公共服务行为。因此，这项工作的组织实施必须要有政府的责任保障、体系保障和财政保障等措施。
　　对此，新修订的《动物防疫法》明确，县级以上人民政府应将动物防疫工作纳入国民经济和社会发展规划及年度计划；县级、乡级人民政府应加强村级动物防疫员队伍建设，还明确了将动物疫病预防、控制、扑灭、检疫和监督管理等所需经费纳入县级以上人民政府财政预算的要求；明确了县级人民政府建立应急物资储备、建立补偿救济机制、加强人员防护等要求。这些保障制度，将对推动兽医工作落实起到重要的促进作用。
法律责任更明确
　　一是按照有权必有责、用权受监督、违法受追究的要求，增加规定了地方各级人民政府、兽医主管部门、动物疫病预防控制机构、其他有关部门及其工作人员在动物防疫工作中不依法履行职责应承担的法律责任，细化了动物卫生监督机构及其工作人员在检疫等执法活动中的责任追究规定。
　　二是进一步明确了饲养者、经营者的责任。新修订的《动物防疫法》在总结实践经验的基础上，对饲养者、经营者不依法履行动物疫病预防、疫情控制、动物和动物产品检疫义务等行为设定了法律责任，特别是增加了责令改正、采取补救措施等方面的规定，为把动物防疫制度落到实处提供了有效保障。
　　三是针对不同违法行为，科学设定罚款数额。新修订的《动物防疫法》在与相关法律，如《畜牧法》相衔接的基础上，根据实践工作需要，针对违法行为的不同性质和危害大小，区分单位与个人等不同的违法行为人，兼顾法律责任的可执行性与威慑性，科学设定了罚款数额。
　　四是增加了很多新的法律责任。对未办理审批手续，跨省引进乳用、种用动物及其精液、胚胎、种蛋的；未经检疫，向无规定动物疫病区输入动物、动物产品的；不遵守县级以上人民政府及其兽医主管部门依法作出的有关控制、扑灭动物疫病规定的；藏匿、转移、盗掘已被依法隔离、封存、处理的动物和动物产品的；违法发布动物疫情的；未取得动物诊疗许可证从事动物诊疗活动的；动物诊疗机构违反规定，造成动物疫病扩散的；未经兽医执业注册从事动物诊疗活动的； 执业兽医在诊疗活动中违反有关规定或不履行相关义务的；从事动物疫病研究与诊疗和动物饲养、屠宰、经营、隔离、运输以及动物产品生产、经营、加工、贮藏等活动的单位和个人，不履行动物疫情报告义务、不如实提供与动物防疫活动有关资料、拒绝动物卫生监督机构进行监督检查、拒绝动物疫病预防控制机构进行动物疫病监测、检测的等等违法行为，都新设定了相关法律责任。同时，新修订的法律还明确规定，对违反本法规定，构成犯罪的，要依法追究刑事责任；导致动物疫病传播、流行等，给他人人身、财产造成损害的，要依法承担民事责任。