1.自行利用（就地利用）型
　　该模式在企业内实行种养结合；或养殖企业与种植业主距离较近，只要通过铺设沼肥输送管网，建设田间贮肥池，就能将沼液直接输送到田间地头。该模式的特点是一次性投资大，运行成本低。但需注意沼气工程附近的农田施肥过多的情况，因此周边需有足够土地消纳沼肥，以防止土壤污染和肥害。
　　典型案例：杭州市正兴牧业有限公司养殖场日产猪粪尿水约140吨，建有900立方米的厌氧发酵罐、4000平方米氧化塘，铺设4500米沼液管网等，为周边1000多亩果、蔬、竹、茶园及牧草施肥，形成“草养畜-沼气发酵-沼液肥田”的农业生态良性循环模式。
　　2.中介服务（异地利用）型
　　该模式养殖场内部或周围无足够土地消纳产生的沼肥，通过中介组织运输转移，按种植业主需求，将沼肥配送到田间地头的贮肥池。中介服务是沼肥产业化开发的纽带，也是消化多余沼肥的主要途径。
　　典型案例：从2009年开始，宁波市鄞州区建设沼肥利用设施和配送网络，扶持组建宁波长泰农业发展有限公司，沼肥按每吨20元运费给予财政补贴，利用量逐步扩大，2012年配送沼肥7.5万吨，占全区沼肥年产生量的37.5%左右。
　　3.互助消纳（就地或异地）型
　　该模式养殖业主和种植业主或经济合作组织之间建立合作关系，互惠互利是双方的出发点和落脚点，沼肥一般由种植业主自行运输。
　　典型案例：兰溪市彩潮养猪场与畲野果蔬专业合作社签订沼肥利用协议，猪场每天产生的15－18吨沼肥由合作社消化，用作100亩蔬菜基地用肥；开化县齐新养猪场与齐新村签订有偿用气协议，产生的沼气供村民使用，既满足了村民炊事用能，又保障了服务人员进行工程维修、清渣、抽沼液用电、日常管理等费用开支，保证了沼气工程正常运行。
　　4.技术创新型
　　该模式通过技术创新，增加沼肥消纳力度，降低使用成本，同时开展沼肥深度开发，拓宽使用范围。
　　典型案例：宁波长泰农业发展有限公司与浙江大学环资学院合作，进行沼液浓缩和沼液做无土栽培营养液试验，争取沼肥深度开发利用，拓展应用领域。