近年来，台州市把基层动物卫生监督体系建设作为一项重要的民生工程来抓，目前全市共设立了58个区域性动物卫生监督分所，并有一大批基层站（所）陆续完成规范化建设。2010年、2011年，该市“省级动物卫生监督执法办案优秀单位”获奖单位连续两年位居全省第一。
抓好体系改革推进基层队伍正规化
　　针对基层监管体系薄弱、监管力量不足状况，2005年以来，该市根据国务院和省政府兽医体系改革部署，全面构建适合该市实际的动物卫生监管体系。
　　统一设置标准。按照监管重心下移、强化基层力量的机构设置思路，该市除市、县两级成立畜牧兽医局（动物卫生监督所）外，九个县（市、区）还根据畜禽养殖布局和监管工作实际，统一设置县级动物卫生监督派出机构（即区域性动物卫生监督分所和屠宰场检疫站点）。
　　政府督查推进。对体系改革滞后和改革未到位的县（市、区），市政府领导亲自带队赴县（市、区）进行督促指导，并采取以市政府督查室或以指挥部通报的形式，督促各地推进体系改革。
　　考核量化推进。对体系改革完成较好的县（市、区），考核时加分；进展缓慢或改革未到位的县（市、区），考核时扣分。
加大经费投入推进基层机构规范化
　　为提升基层派出机构整体形象，该市加大投入力度，有序组织开展和推进基层动物卫生监督分所、动物检疫申报点、屠宰场检疫工作室等派出机构规范化建设。
　　统一建设标准。该市统一制定了规范化建设标准，建设单位大门口悬挂单位牌子和执法标志，设立风格统一、形象庄重的检疫申报点服务窗口，单位附近路口设有醒目美观的指路牌，各项规章制度和服务内容上墙公示，检疫监督和办公设施设备配置到位，记录档案规范齐全。
　　树立建设样板。该市一方面大力开展市区派出机构规范化建设，一方面推出了路桥、温岭等地的规范化建设典型，并通过现场会等方式，引领和推动全市基层机构规范化建设。
　　加大经费投入。该市市、区两级财政按照1∶1配套的比例，投入经费140多万元，对验收合格的单位，采取以奖代补的方式进行补助。
创新管理机制推进检疫监管长效化
　　针对动物卫生执法监管面广、环节多、难度大的实际，该市积极创新监管机制、突出关键环节，提升监管能力，探索检疫监管长效化。
　　屠宰检疫管理实现智能化。2007年开始，该市自行开发屠宰检疫智能化管理系统，对全市35个生猪屠宰场（点）配置电脑和网络设施，全面实施屠宰检疫智能化管理，提升了屠宰检疫监管能力。
　　流通调运管理实现网络化。借助全省动物及其产品流通调运监管平台，该市制定全市动物及其产品流通调运系统管理工作责任制，从2009年5月开始，对省外调入所有动物及其产品全面实施系统网络化管理，提升了调运监管能力。
　　检疫申报和检疫信息追溯实现制度化。该市全面落实了动物检疫申报制度，2009年开始联合工商等六部门全面实施凭证分销制度，实现了部门间有效衔接和检疫信息可追溯。
　　违法行为处置实现规范化。该市建立了部门间执法联动和风险信息抄告制度，对发现的违法行为及时予以督促整改和查处，对涉及相关部门职责的及时抄告，确保违法行为整改、查处和后续监管到位。
丰富服务模式推进防疫服务社会化
　　为推进乡村动物防疫队伍建设，进一步完善动物防疫政府购买服务机制，该市根据各县（市、区）防疫体系差别和动物防疫工作实际，采取财政补助和政府购买服务有机结合的形式，积极探索基层动物防疫政府购买服务模式，先后探索出了天台的动物防疫服务部、温岭的村级防疫员承包制、三门的绩效考核和路桥、玉环的村级动物疫病防治服务站（点）等模式，促进了全市重大动物疫病防控长效机制的建立。
强化目标考核推进层级考核常态化
　　为确保各项重点工作落实到位，该市科学分解考核指标，逐级建立了工作目标考核制度。在政府层面，该市将动物疫病防控工作指标逐级纳入对政府综合目标考核内容。在指挥部层面，该市防治动物疫病指挥部每年将重大动物疫病防控和畜产品安全监管重点工作逐级纳入对下级指挥部的综合目标考核，对亮点工作进行加分。在考核机制评估上，该市防治动物疫病指挥部定期组织对各地重点工作落实情况进行督促检查，将检查结果作为年终考核依据。
开展素质提升推进系统能力专业化
　　从2006年开始，该市每年确定一个活动主题，连续六年组织开展了全市畜牧兽医系统能力和作风建设，不断提升系统专业能力。一是组织开展畜牧兽医技能培训。根据队伍知识更新需要和业务工作需求，每年采取“请进来”和“走出去”培训的形式，多次组织开展业务技能培训活动。二是组织开展县市间交流学习。采取组织县（市、区）间交叉检查、先进典型工作观摩等形式，促进县（市、区）间相互交流学习先进工作经验。三是组织开展技能比武和防控演练。定期组织开展全市动物防检疫和执法办案技能大比武，以及重大动物疫病防控演练活动，提升队伍岗位业务操作技能。四是组织开展优秀案卷评查。每年组织开展全市优秀案卷评查和集中评析活动，提升执法办案水平。